Từ Ấn Độ và Sri Lanka, C. rafflesii được phân bố trải dài về phía đông đến Tuamotu (Polynésie thuộc Pháp); ngược lên phía bắc đến vùng biển phía nam Nhật Bản (gồm cả quần đảo Ryukyu), xa về phía nam đến rạn san hô Great Barrier, Nouvelle-Calédonie và Tonga.[1]

Ở Việt Nam, C. rafflesii được ghi nhận tại cù lao Chàm (Quảng Nam), đảo Lý Sơn (Quảng Ngãi) và quần đảo Hoàng Sa;[4] Phú Yên;[5] vịnh Vân Phong[6] và vịnh Nha Trang (Khánh Hòa);[7] Ninh Thuận;[8] cù lao Câu (Bình Thuận) và quần đảo Trường Sa.[9]

C. rafflesii sống tập trung trên các rạn viền bờ hoặc trong đầm phá, nơi mà san hô phát triển phong phú ở độ sâu đến ít nhất là 20 m.[1]